April 8th, 2021

ПЦР тесты лажают на 50–70 процентов

У нас в Бельгии, их продвигают как абсолютную панацею.

Использование экспресс–теста на антиген в боковом потоке (LFT) для SARS–CoV–2 было поставлено под сомнение.1, 2, 3 с неподтвержденными4отчеты о плохой чувствительности LFT. Дебаты вокруг использования теста Innova Lateral Flow на антиген SARS–CoV–2 в Великобритании рискуют запутать политиков на международном уровне и потенциально остановить развертывание LFT в других странах.5 Как ученые и медицинские работники, оценивающие некоторые из крупнейших в мире пилотных проектов LFT, мы хотим оспорить эти интерпретации и уточнить доказательства того, как такое тестирование может быть использовано для обнаружения SARS–CoV–2 за считанные минуты и улучшения мер контроля COVID–19.
Тестирование на SARS–CoV–2 является центральным для лечения COVID–19 и основывается на технологии количественной полимеразной цепной реакции с обратной транскриптазой (ПЦР). ПЦР ищет генетический код вируса из мазков из носа или горла и усиливает его в течение 30–40 циклов, удваивая каждый цикл, что позволяет обнаруживать даже крошечные, потенциально единичные копии. Таким образом, ПЦР является мощным клиническим тестом, особенно когда пациент инфицирован или недавно был инфицирован SARS–CoV–2. Фрагменты РНК могут сохраняться в течение нескольких недель после удаления инфекционного вируса.6 часто у людей без симптомов или известных воздействий.7
Однако для мер общественного здравоохранения необходим другой подход. Тестирование, помогающее замедлить распространение SARS–CoV–2, спрашивает не о том, есть ли у кого–то в носу РНК от более ранней инфекции, а о том, заразны ли они сегодня. Если после инфицирования люди получат положительный результат и будут изолированы в течение 10 дней, это будет чистая потеря для здоровья, социального и экономического благополучия сообществ. На наш взгляд, текущее тестирование ПЦР не является подходящим золотым стандартом для оценки теста общественного здоровья на SARS–CoV–2.
Большинство людей, инфицированных SARS–CoV–2, заразны в течение 4–8 дней.7 Обычно не обнаруживается, что образцы содержат положительный посев (потенциально заразный) вирус после 9–го дня после появления симптомов, при этом большая часть передачи происходит до 5–го дня.7, 8 Это время соответствует наблюдаемым моделям передачи вируса (обычно от 2 дней до или 5 дней после появления симптомов), что побудило органы общественного здравоохранения рекомендовать 10–дневный период изоляции.9 Короткое окно трансмиссивности контрастирует со средним показателем положительной реакции ПЦР 22–33 днями (дольше при тяжелых инфекциях и несколько короче среди лиц без симптомов).10 Это говорит о том, что в 50–75% случаев, когда человек является положительным по результатам ПЦР, он, вероятно, будет постинфекционным.11, 12
Как только репликация SARS–CoV–2 контролируется иммунной системой, уровни РНК, обнаруживаемые с помощью ПЦР в респираторных секретах, падают до очень низких уровней, когда люди с гораздо меньшей вероятностью заразят других.13, 14, 15 Оставшиеся копии РНК могут занять недели, а иногда и месяцы.16, 17 очистить, в течение которого ПЦР остается положительной.7
Ожидается, что тест общественного здравоохранения для выявления кого–то, кто может быть заразным, по логическому выводу, будет иметь чувствительность около 30–40% по сравнению с ПЦР при тестировании случайной выборки бессимптомных людей в устойчивой вспышке.18 Кроме того, асимметрия РНК, отражающая большую инфекционность ближе ко времени воздействия, означает, что чувствительность идеального теста на инфекционность при измерении с помощью ПЦР может варьироваться в зависимости от эпидемической кривой, начиная с 50–60% при нарастании вспышки. до 20–30% или менее по мере уменьшения числа инфекций.19
LFT и британская программа тестирования подверглись критике1, 2, 3, 5при плохой чувствительности у людей без симптомов. На наш взгляд, эта критика неверно истолковала данные из промежуточного отчета о пилотном тестировании сообщества в Ливерпуле, Великобритания.20, 21 год Когда в Ливерпуле проводилось парное тестирование LFT и ПЦР, кривая эпидемии снижалась.20 На этом этапе априори следует ожидать, что тест общественного здравоохранения, который является высокочувствительным для обнаружения инфекционного вируса, покажет низкую общую чувствительность по сравнению с ПЦР у людей без симптомов или известных воздействий.
Дальнейшая путаница царит в отношении значений порога цикла ПЦР (Ct), вирусной нагрузки и инфекционности. В пилотном проекте Liverpool Innova LFT отобрала 19 из 24 (79%) образцов с Ct ниже 20 и десять из 11 (91%) образцов с Ct ниже 18.20 Чувствительность 66% в промежуточном отчете Ливерпуля20был осторожно основан на Ct ниже или равном 25, что указывает на жизнеспособность вируса. Для лабораторной обработки ливерпульских проб значения Ct 21–18, скорее всего, отражают от 100 000 до 1 миллиона копий РНК на мл, количества, ниже которых вирусные культуры обычно становятся отрицательными, а риски передачи низки.22, 23, 24 Другие лаборатории устанавливают этот порог на Ct 30.24 Между лабораториями и анализами нет международной стандартизации, поэтому калибровка Ct с вирусной нагрузкой плохо регистрируется и ее легко понять неправильно.
Ранние результаты, о которых широко сообщалось,3 из исследования Фергюсона и его коллег,25предположил, что LFT имеет только 3% чувствительность для обнаружения SARS–CoV–2 среди ПЦР–положительных студентов Бирмингемского университета. Недостаточная эффективность тестов объясняла обнаружение только двух положительных результатов среди 7189 человек, протестированных с Innova LFT.25 В этом исследовании25в случайной выборке из 710 (10%) LFT–отрицательных лиц было шесть положительных результатов ПЦР. Этот результат был экстраполирован на 60 случаев во всей когорте, в результате чего экстраполированная чувствительность составила два из 62 (3,2%). Значения Ct из шести ПЦР–положительных образцов были спроектированы как значения Ct для 60 случаев (54 ненаблюдаемых плюс шесть наблюдаемых); во всех шести наблюдаемых случаях вирусная нагрузка была очень низкой (Ct ≥29, что соответствует примерно Мы искренне поддерживаем здоровые научные дебаты, чтобы оперативно определять политику. Путь COVID–19 впереди выглядит сложным; поэтому нам нужны масштабные и смелые действия в масштабах всей науки и общества, такие как пилотное тестирование сообщества Ливерпуля. Своевременные свидетельства таких пилотных проектов могут послужить основой для разработки политики и помочь поддержать доверие общественности к ответным мерам общественного здравоохранения, необходимым для продвижения этой пандемии.
IEB, MG–F и MGS получили грант от Министерства здравоохранения и социального обеспечения Великобритании для оценки LFT в пилотном проекте в Ливерпуле, который обсуждается в этом комментарии. IEB сообщает о гонорарах от AstraZeneca в качестве консультанта главного специалиста по данным через Ливерпульский университет и о гранте для старшего исследователя от Национального института исследований в области здравоохранения (NIHR) за пределами представленной работы. MGS является председателем Научно–консультативного совета по инфекционным заболеваниям и миноритарным акционером Integrum Scientific LLC, Гринсборо, Северная Каролина, США, компании, которая заинтересована в тестировании COVID–19, но не в технологии бокового потока, и сообщает о грантах от NIHR, Совет по медицинским исследованиям и Отдел исследований в области защиты здоровья при новых и зоонозных инфекциях Ливерпульского университета. MJM сообщает о финансировании исследований Директором Национального института здравоохранения США » s Премия за раннюю независимость DP5–OD028145 и от Open Philanthropy и Good Ventures. TEP поддерживается отделом исследований защиты здоровья NIHR в области связанных со здравоохранением инфекций и устойчивости к противомикробным препаратам Оксфордского университета в партнерстве с Public Health England (PHE), Центром биомедицинских исследований NIHR, Оксфорд, и работал с PHE Porton над проверкой LFT.

https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140–6736(21)00425–6/fulltext?fbclid=IwAR2lEfwXojHxR–K72E_St8Zj5u48_z6gH5OZfMUNY8aJc3eQe4SHJ0wwalw

использованная литература
1.Дикс Дж. Лотерея А Джилл М
Covid–19: правительство должно срочно переосмыслить развертывание теста бокового потока.
Мнение BMJ. 12 янв.2021 г.;
https://blogs.bmj.com/bmj/2021/01/12/covid–19–government–must–urgently–rethink–lateral–flow–test–roll–out
Дата обращения: 12 февраля 2021 г.
Посмотреть в статье
Google Scholar
2.Дикс Дж.
Тесты бокового кровотока не могут исключить заражение SARS–CoV–2.
BMJ. 2020; 371 м 4787
Посмотреть в статье
Scopus (2)
PubMed
Crossref
Google Scholar
3.Армстронг С
Covid–19: тесты на учащихся очень неточны, как показывают первые результаты.
BMJ. 2020; 371 м 4941
Посмотреть в статье
Скопус (1)
PubMed
Crossref
Google Scholar
4.Фирон Э Дэвис Э Этап H и другие.
Ответ на «Covid–19: противоречивая политика экспресс–тестов разделяет врачей и ученых».
BMJ. 2021;( опубликовано в Интернете 12 января ).
https://doi.org/10.1136/bmj.n81
Посмотреть в статье
Google Scholar
5.Kmietowicz Z
Covid–19: противоречивая политика экспресс–тестов разделяет врачей и ученых.
BMJ. 2021;( опубликовано в Интернете 12 января ).
https://doi.org/10.1136/bmj.n81
Посмотреть в статье
Scopus (2)
Crossref
Google Scholar
6.ван Кампен JJA van de Vijver DAMC Fraaij PLA и другие.
Продолжительность и ключевые детерминанты распространения инфекционного вируса у госпитализированных пациентов с коронавирусной болезнью–2019 (COVID–19).
Nat Commun. 2021; 12 : 267
Посмотреть в статье
Скопус (8)
PubMed
Crossref
Google Scholar
7.Чевик М Тейт М Ллойд О и другие.
Динамика вирусной нагрузки SARS–CoV–2, SARS–CoV и MERS–CoV, продолжительность выделения вируса и инфекционность: систематический обзор и метаанализ.
Ланцетный микроб. 2021; 2 : e13–e22
Посмотреть в статье
PubMed
Резюме
Полный текст
Полный текст PDF
Google Scholar
8.Джефферсон Т Спенсер Э.А. Brassey J Хенеган С
Вирусные культуры для оценки инфекционного потенциала COVID–19 — систематический обзор.
Clin Infect Dis. 2020;( опубликовано на сайте 3 декабря ).
https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1764
Посмотреть в статье
PubMed
Crossref
Google Scholar
9.КТО
Критерии освобождения пациентов с COVID–19 из изоляции: научная записка.
https://www.who.int/news–room/commentaries/detail/criteria–for–releasing–covid–19–patients–from–isolation
Дата: 2020
Дата обращения: 12 февраля 2021 г.
Посмотреть в статье
Google Scholar
10.Вс J Сяо Дж Вс R и другие.
Длительное сохранение РНК SARS–CoV–2 в жидкостях организма.
Emerg Infect Dis. 2020; 26 : 1834–1838
Посмотреть в статье
Скопус (36)
PubMed
Crossref
Google Scholar
11.Буллард Дж. Пыль К Funk D и другие.
Прогнозирование инфекционного SARS–CoV–2 на основе диагностических образцов.
Clin Infect Dis. 2020;( опубликовано на сайте 22 мая. )
https://doi.org/10.1093/cid/ciaa638
Посмотреть в статье
Scopus (162)
PubMed
Crossref
Google Scholar
12.Эйр DW Ламли SF О'Доннелл Д. и другие.
Дифференциальные профессиональные риски для медицинских работников от SARS–CoV–2 наблюдались в ходе проспективного обсервационного исследования.
Элиф. 2020; 9 e60675
Посмотреть в статье
PubMed
Crossref
Google Scholar
13.Базиль К Макфи К. Картер I и другие.
Клеточная культура SARS–CoV–2 дает информацию об оценке инфекционности и безопасной деизоляции во время COVID–19.
Clin Infect Dis. 2020;( опубликовано 24 октября онлайн )
https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1579
Посмотреть в статье
PubMed
Crossref
Google Scholar
14.Хуан К.Г. Ли КМ Сяо MJ и другие.
Выделение вируса на основе культур для оценки потенциальной инфекционности клинических образцов, протестированных на COVID–19.
J Clin Microbiol. 2020; 58 : e01068–e01070
Посмотреть в статье
Скопус (19)
PubMed
Crossref
Google Scholar
15.Wölfel R Корман В.М. Guggemos W и другие.
Вирусологическая оценка госпитализированных пациентов с COVID–2019.
Природа. 2020; 581 : 465–469
Посмотреть в статье
Скопус (1717 г.)
PubMed
Crossref
Google Scholar
16.Чевик М Маркус JL Buckee C Смит ТК
Динамика передачи SARS–CoV–2 должна информировать политику.
Clin Infect Dis. 2020;( опубликовано на сайте 23 сентября. )
https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1442
Посмотреть в статье
Crossref
Google Scholar
17.Чевик М Куппалли К. Киндрачук Дж. Пейрис М
Вирусология, передача и патогенез SARS–CoV–2.
BMJ. 2020; 371 м 3862
Посмотреть в статье
Скопус (20)
PubMed
Crossref
Google Scholar
18.Клири Б Hay JA Blumenstiel B и другие.
Использование вирусной нагрузки и динамики эпидемии для оптимизации двух объединенных тестов в условиях ограниченных ресурсов.
medRxiv. 2021;( опубликовано в Интернете 15 января ) (препринт).
https://doi.org/10.1101/2020.05.01.20086801
Посмотреть в статье
Google Scholar
19.Hay J Кеннеди–Шаффер Л Kanjilal S Липсич М Мина М
Оценка эпидемиологической динамики по распределению вирусной нагрузки в одном разрезе.
medRxiv. 2020;( опубликовано онлайн 13 октября ) (препринт).
https://doi.org/10.1101/2020.10.08.20204222
Посмотреть в статье
Google Scholar
20.Ливерпульский университет
Бьюкен I
Промежуточный отчет Ливерпульского сообщества по тестированию на Covid–19. Ливерпульский университет, 2020 г.
https://www.liverpool.ac.uk/media/livacuk/coronavirus/Liverpool,Community,Testing,Pilot,Interim,Evaluation.pdf
Дата обращения: 12 февраля 2021 г.
Посмотреть в статье
Google Scholar
21.Эштон М Бил Р Бьюкен I и другие.
Ответ: Deeks et al. Информационная записка для журналистов о вреде от продолжающегося развертывания теста Innova Lateral Flow Test.
Ливерпульский университет, 22 янв.2021 г.
https://news.liverpool.ac.uk/2021/01/22/covid–19–liverpool–experts–challenge–flawed–reports–on–lateral–flow–tests/
Дата обращения: 12 февраля 2021 г.
Посмотреть в статье
Google Scholar
22.Ли Л Розмановский С Панг М и другие.
Наблюдательное исследование инфективности SARS–CoV–2 по вирусной нагрузке и 2 демографическим факторам, а также использование устройств бокового потока для предотвращения 3 передачи.
Оксфордский университет, 2021 г.
http://modmedmicro.nsms.ox.ac.uk/wp–content/uploads/2021/01/infectivity_manuscript_20210119_merged.pdf
Дата обращения: 12 февраля 2021 г.
Посмотреть в статье
Google Scholar
23.Марки М Миллат–Мартинес П Оучи Д и другие.
Передача COVID–19 в 282 кластерах в Каталонии, Испания: когортное исследование.
Lancet Infect Dis. 2021;( опубликовано на сайте 2 февраля ).
https://doi.org/10.1016/S1473–3099(20)30985–3
Посмотреть в статье
Скопус (1)
PubMed
Резюме
Полный текст
Полный текст PDF
Google Scholar
24.Молись И.В. Ford L Коул Д и другие.
Проведение антигенного теста для бессимптомного и симптоматического тестирования SARS–CoV–2 в двух университетских городках — Висконсин, сентябрь – октябрь 2020 г.
MMWR Morb Mortal Wkly Rep.2021 ; 69 : 1642–1647
Посмотреть в статье
PubMed
Crossref
Google Scholar
25.Фергюсон Дж. Данн С Бест А и другие.
Валидационное тестирование для определения эффективности тестирования бокового кровотока для бессимптомного выявления SARS–CoV–2 в условиях низкой распространенности.
medRxiv. 2020;( опубликовано в сети 24 декабря ) (препринт).
https://doi.org/10.1101/2020.12.01.20237784
Посмотреть в статье
PubMed
Google Scholar
26.Крозье А Раджан С Бьюкен I Макки М
Испытайте: использование технологий экспресс–тестирования на covid–19.
BMJ. 2021; 372 : n208
Посмотреть в статье
Scopus (2)
PubMed
Crossref
Google Scholar
Информация о статье
История публикаций
Опубликовано: 17 февраля 2021 г.
Идентификация
DOI: https://doi.org/10.1016/S0140–6736(21)00425–6

авторское право
© 2021 Elsevier Ltd. Все права защищены.
ScienceDirect